Atgavus nepriklausomybę 1990 m.

Lietuvai atgavus Nepriklausomybę, Panevėžio vyskupijoje, kaip ir visoje Lietuvos Katalikų Bažnyčioje, pradėjo atgimti dvasinis ir pastoracinis gyvenimas.

Valdant vyskupui J. Preikšui 1989–2002 m., Panevėžyje įkurta valstybinė katalikiškos dvasios vysk. Kazimiero Paltaroko vidurinė mokykla, įsteigtas kun. Alfonso Lipniūno jaunimo centras, Berčiūnuose įrengta ateitininkų vasaros stovykla.

Panevėžyje Nepriklausomybės metais veikusios vienuolijos atnaujino savo dvasinį -bendruomeninį gyvenimą ir pastoracinę veiklą, atsiimdamos ar pasistatydindamos naujus namus. Atgavus Nepriklausomybę Panevėžio vyskupijoje atkurtos 58 koplyčios.

Vyskupui Juozui Preikšui sulaukus 75 metų amžiaus ir tapus emeritu, 2002 m. Panevėžio vyskupu buvo paskirtas Jonas Kauneckas.